Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis in silico y modelado de homología de las proteínas antioxidantes de la espinaca

Archna Sahay y Madhvi Shakya

La espinaca es una importante verdura dietética a menudo asociada con efectos benéficos para la salud. En este artículo, se adoptó un enfoque de bioinformática y modelado molecular para explorar las propiedades y la estructura de las proteínas antioxidantes de la espinaca. Las proteínas antioxidantes seleccionadas para este estudio son la ascorbato peroxidasa (APX), la deshidroascorbato reductasa (DHAR), la proteína similar a la peroxidasa de fosfolípido hidroperóxido glutatión (PHGPX) y la 2-Cys peroxirredoxina BAS1 (2-CP). La caracterización fisicoquímica interpreta propiedades como pI, EC, AI, GRAVY e índice de inestabilidad y proporciona datos sobre estas proteínas y sus propiedades. Se realizó predicción de motivos, patrones, puentes de disulfuro y estructura secundaria para la caracterización funcional. Las estructuras tridimensionales para estas proteínas aún no estaban disponibles en PDB. Por lo tanto, se desarrollaron modelos de homología para estas proteínas antioxidantes. El modelado de la estructura tridimensional de estas proteínas muestra que los modelos generados por Modeller fueron más aceptables en comparación con Geno3D y Swiss Model. Los modelos se validaron utilizando las herramientas de control de estructura de proteínas PROCHECK y WHAT IF. Estas estructuras proporcionarán una buena base para el análisis funcional de estructuras cristalinas derivadas experimentalmente.