Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Mejora del análisis proteómico del tejido de archivo mediante el uso de presión- Extracción asistida de proteínas: un enfoque mecánico

Carol B Fowler, Timothy J O'Leary y Jeffrey T Mason

Los depósitos de tejidos fijados con formaldehído e incluidos en parafina (FFPE) representan un recurso valioso para el estudio retrospectivo de la progresión de la enfermedad y la respuesta a la terapia. Sin embargo, el análisis proteómico de los tejidos FFPE se ha visto obstaculizado por modificaciones de proteínas inducidas por formaldehído, que reducen la eficiencia de extracción de proteínas y pueden conducir a una identificación errónea de proteínas. Aquí, demostramos el uso de calor aumentado con alta presión hidrostática (40 000 psi) como un método novedoso para la recuperación de proteínas intactas del tejido FFPE. Nuestro laboratorio ha adoptado un enfoque mecanicista para desarrollar protocolos mejorados de extracción de proteínas, primero estudiando las reacciones del formaldehído con las proteínas y las formas de revertir estas reacciones, luego aplicando este enfoque a un sistema modelo llamado "sustituto de tejido", que es un gel formado por el tratamiento de altas concentraciones de proteínas citoplasmáticas con formaldehído y, finalmente, tejido hepático de ratón FFPE. Nuestros estudios indican que la presión elevada mejora la recuperación de proteínas de los sustitutos de tejido FFPE al hidratar y promover la solubilización de proteínas altamente agregadas, lo que permite la reversión posterior (por hidrólisis) de los aductos y enlaces cruzados de proteínas inducidos por formaldehído. Cuando se extrajo hígado de ratón FFPE usando calor y presión elevada, hubo un aumento de 4 veces en la eficiencia de extracción de proteínas y un aumento de hasta 30 veces en el número de proteínas no redundantes identificadas por espectrometría de masas, en comparación con el tejido emparejado extraído con calor solo. Más importante aún, la cantidad de proteínas no redundantes identificadas en el tejido FFPE fue casi idéntica a la del tejido congelado correspondiente.