Christian Garde, Ramarathinam H, Emma C Jappe, Morten Nielsen, Jens V Kringelum, Thomas Trolle y Anthony W Purcell
La presentación del antígeno del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) de clase II es un componente clave para provocar una respuesta de células T CD4+. La predicción precisa de las interacciones péptido-MHC (pMHC) se ha convertido así en una piedra angular en la definición de candidatos a epítopos para el diseño racional de vacunas. Las herramientas actuales de predicción de pMHC, hasta ahora, se han centrado principalmente en la inferencia a partir de la afinidad de unión in vitro. En el estudio actual, recopilamos un gran conjunto de ligandos eluidos de MHC de clase II generados por espectrometría de masas para guiar la predicción de la presentación de antígenos de MHC de clase II. Demostramos que los modelos desarrollados en ligandos eluidos superan a los desarrollados en datos de afinidad de unión de pMHC.
El rendimiento predictivo se puede mejorar aún más combinando el ligando eluido y los datos de afinidad del pMHC en un solo modelo de predicción. Además, al incluir datos de ligandos, el modelo de predicción puede aprender con precisión la preferencia de longitud del péptido del MHC de clase II. Finalmente, demostramos que nuestro modelo supera significativamente el método de predicción de vanguardia actual, NetMHCIIpan, en un conjunto de datos externo de ligandos eluidos y parece superior en la identificación de epítopos de células T CD4+.