Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Método mejorado para predecir epítopos de células B lineales

Jens Erik Pontoppidan Larsen, Ole Lund y Morten Nielsen

Antecedentes: los epítopos de células B son los sitios de moléculas que son reconocidas por los anticuerpos del sistema inmunitario. El conocimiento de los epítopos de células B se puede utilizar en el diseño de vacunas y pruebas de diagnóstico. Por lo tanto, es de interés desarrollar métodos mejorados para predecir epítopos de células B. En este artículo, describimos un método mejorado para predecir epítopos de células B lineales. Resultados: Para hacer esto, se construyeron tres conjuntos de datos de proteínas anotadas con epítopos de células B lineales. Se recopiló un conjunto de datos de la bibliografía, otro conjunto de datos se extrajo de la base de datos AntiJen y un conjunto de datos de epítopos en las proteínas del VIH se recopiló de la base de datos de VIH de Los Alamos. Se realizó una validación imparcial de los métodos mediante pruebas en conjuntos de datos en los que no fueron entrenados ni optimizados. Hemos medido el rendimiento de forma no paramétrica mediante la construcción de curvas ROC. Conclusión: el mejor método único para predecir epítopos lineales de células B es el modelo oculto de Markov. Combinando el modelo oculto de Markov con uno de los mejores métodos de escala de propensión, obtuvimos el método BepiPred. Cuando se prueba en el conjunto de datos de validación, este método funciona significativamente mejor que cualquiera de los otros métodos probados. El servidor y los conjuntos de datos están disponibles públicamente en http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred.