Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Inmunoinformática: Detección de determinantes antigénicos potenciales de células T en el proteoma del virus de la influenza porcina H1N1 para el diseño de vacunas con epítopos víricos

Pawan Sharma y Ajay Kumar

La influenza(H1N1) es un patógeno respiratorio altamente contagioso que continúa evolucionando y amenazando salud pública tanto veterinaria como humana. Las vacunas existentes en la actualidad contra la influenza (H1N1) se basan en la generación de una respuesta secundaria en forma de anticuerpos neutralizantes dirigidos principalmente contra las proteínas de superficie– hemaglutinina y neuraminidasa. En este trabajo, las herramientas inmunoinformáticas Propred y Propred I se han utilizado para predecir los epítopos de células T a partir de siete proteínas putativas, a saber. Hemaglutinina, neuraminidasa, polimerasa PA, proteína de nucleocápside, proteína de matriz, polimerasa PB1, polimerasa PB2 del virus de la influenza A/Minnesota/2009 (H1N1). Se predijeron un total de 15 epítopos para moléculas HLA de clase I y 14 epítopos para moléculas HLA de clase II. Estos epítopos se encuentran en los péptidos de mayor puntuación y mostraron unión con el número máximo de alelos HLA. El porcentaje umbral tomado en este análisis fue del 4 % para seleccionar péptidos de alta afinidad por Propred y Propred I. Los epítopos predichos pueden servir como un reactivo de diagnóstico útil para evaluar las respuestas de las células T en el contexto de la infección natural y también pueden ser útil para diseñar una vacuna de ADN o una vacuna de subunidades contra la influenza H1N1.