Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Estudio inmuno-informático: Detección de epítopos de células T terapéuticos putativos contra el Virus de la Encefalitis Japonesa

Ravi Deval*, Vijay Kumar, Amit Joshi

La encefalitis japonesa es transmitida por mosquitos en humanos y la inflamación resultante de las membranas alrededor del cerebro. En el estudio actual, seleccionamos proteomas completos como CORE PROTEIN C, PREM PROTEIN, MATRIX PROTEIN M, ENVELOPE, NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4B, NS4A, 2K, RNA DEPENDENT RNA POLIMERASA para la identificación de epítopos de células T. Encontramos más de 100 nuevos epítopos de células T para MHC de clase II con la mayor afinidad de unión. De los seis epítopos finalizados, el epítopo LRPATAWAL (de proteína no estructural NS 4 B) y el epítopo VRLMEAEGV (de ARN polimerasa dependiente de ARN) muestran las energías de unión más negativas, es decir, -8,5 Kcal/mol y -8,4 Kcal/mol respectivamente. Los resultados también se validaron mediante la implementación de estudios de simulación y dinámica molecular. Los valores de RMSD y RMSF para estos epítopos indican que existe una interacción perfecta con los alelos del MHC. Estos hallazgos brindan una nueva perspectiva para el desarrollo de kits de diagnóstico basados en antígenos y son útiles para elaborar vacunas candidatas basadas en péptidos.