Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Epítopos auxiliares de secuencia de consenso inmunogénico para una vacuna de biodefensa Pan-Burkholderia

Anne S. De Groot, Matthew Ardito, Leonard Moise, Eric A. Gustafson, Denice Spero, Gloria Tejada, William Martin

Antecedentes: Se necesitan vacunas de biodefensa contra los agentes bioterroristas de categoría B Burkholderia pseudomallei (BPM) y Burkholderia mallei (BM), ya que ambos son de fácil acceso para los terroristas y tienen un fuerte potencial de armamento. Burkholderia cepaciae (BC), un patógeno relacionado, causa infecciones pulmonares crónicas en pacientes con fibrosis quística. Dado que BPM, BM y BC son bacterias intracelulares, son objetivos excelentes para las vacunas basadas en células T. Sin embargo, el gran volumen de datos genómicos disponibles requiere la ayuda de la inmunoinformática para el diseño de vacunas. Utilizando EpiMatrix, ClustiMer y EpiAssembler, un conjunto de herramientas de diseño de vacunas inmunoinformáticas, examinamos los 31 genomas de Burkholderia disponibles y realizamos pruebas iniciales de nuestras selecciones que son candidatas para una vacuna multipatógena basada en epítopos contra especies de Burkholderia. Resultados: El análisis inmunoinformático de 31 genomas de Burkholderia arrojó 350 004 péptidos vacunales candidatos de 9 mer, de los cuales 133 469 tenían una conservación perfecta en los 10 genomas BM, 175 722 tenían una conservación perfecta en los 11 genomas BPM y 40 813 tenían una conservación perfecta en los 10 genomas BC nombres La exploración adicional con EpiMatrix arrojó 54.010 epítopos de clase II de puntuación alta; estos se ensamblaron en 2.880 "secuencias de consenso inmunogénicas" altamente conservadas más largas. Epítopos auxiliares T. El 100 % de los péptidos se unieron a al menos un alelo HLA clase II in vitro, el 92,7 % se unió a al menos dos alelos, el 82,9 % a tres y el 75,6 % de los resultados de unión fueron consistentes con el análisis inmunoinformático. Conclusiones: Nuestros resultados muestran que es posible identificar rápidamente epítopos auxiliares T promiscuos conservados en múltiples especies de Burkholderia y probar su unión a ligandos HLA in vitro. El siguiente paso en nuestro proceso será probar los epítopos ex vivo usando leucocitos periféricos de humanos infectados con BC, BPM y para la inmunogenicidad en ratones transgénicos HLA humanos. Esperamos que este enfoque conduzca al desarrollo de una vacuna de biodefensa pan-Burkholderia con licencia.