Investigación inmunológica
Acceso abierto
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Csaba Ortutay, Markku Siermala y Mauno Vihinen
Antecedentes: El sistema inmunitario, que es una maquinaria compleja, se basa en la expresión altamente coordinada de una amplia gama de genes y proteínas. La historia evolutiva del sistema inmunitario humano no está bien caracterizada. Aunque se han publicado varios estudios relacionados con el desarrollo y la evolución de los procesos inmunológicos, todavía falta un análisis basado en el genoma a gran escala. Una base de datos centrada en las relaciones evolutivas de los genes relacionados con la inmunidad contribuiría y facilitaría la investigación sobre inmunología y biología evolutiva. Resultados: Se construyó un recurso de Internet llamado ImmTree http://bioinf.uta.fi/ImmTree para estudiar la evolución y los árboles evolutivos del sistema inmunológico humano. ImmTree contiene información sobre ortólogos en 80 especies recopiladas de las bases de datos HomoloGene, OrthoMCL y EGO. Además de los árboles filogenéticos, el servicio proporciona datos para la comparación de pares de ortólogos humano-ratón, incluidas tasas de mutación sinónimas y no sinónimas, valores Z y cocientes Ka/Ks. Un motor de búsqueda versátil permite consultas complejas de la base de datos. Actualmente, hay datos disponibles para 847 genes y proteínas relacionados con el sistema inmunitario humano. Conclusión: ImmTree proporciona un conjunto de datos único de genes y proteínas del sistema inmunitario humano, su filogenética e información para comparar pares de ortólogos humano-ratón, tasas de mutación sinónimas y no sinónimas, así como otra información estadística.