Revista internacional de minería de datos biomédicos
Acceso abierto

abstracto

Identificación de patrones de variación de la metilación del ADN para obtener posibles genes biomarcadores del cáncer de mama

Xu L, Mitra-Behura S, Alston B, Zong Z y Sun S

Los patrones de metilación del ADN en las células humanas son cruciales para regular el crecimiento tumoral y pueden ser indicativos de la susceptibilidad al cáncer de mama. En nuestra investigación, hemos identificado genes con una variación significativa de metilación en el epigenoma del cáncer de mama para ser utilizados como nuevos biomarcadores potenciales para la susceptibilidad al cáncer de mama. Usando el paquete de software estadístico R, comparamos los datos de secuenciación de metilación del ADN de siete individuos normales con ocho líneas celulares de cáncer de mama. Esto se hace seleccionando sitios CG, o pares de citosina-guanina, en los que los patrones de variación de células normales y células cancerosas caen en diferentes rangos, y realizando pruebas de chi-cuadrado superior de una cola. Estos sitios CG seleccionados se asignan a sus genes correspondientes. Usando el software ConsensusPath Database, generamos vías genéticas con nuestros datos para estudiar las relaciones biológicas entre nuestros genes seleccionados y los mecanismos celulares tumorigénicos. Usando genes relacionados con el cáncer de mama de las bases de datos PubMeth y GeneCards, hemos descubierto 26 genes biomarcadores potenciales, que están biológicamente vinculados a genes que se sabe que están asociados con el cáncer de mama. Nuestros resultados tienen numerosas implicaciones para la detección temprana y las medidas de detección de la susceptibilidad al cáncer de mama. Además, es posible que se desarrollen nuevos tratamientos a medida que se realicen más investigaciones que exploren la asociación de los genes biomarcadores con la estimulación de la tumorigénesis.