Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Identificación de biomarcadores de proteínas para la retinopatía diabética mediante técnicas de minería de secuencias

Ratnagiri Devarapu, G Murali y Hanuman Thota

La bioinformática y la minería de secuencias son la aplicación y el desarrollo de técnicas de minería de datos para resolver problemas mediante la comprensión de datos biológicos. El análisis de secuencias es la operación más primitiva en las técnicas de minería de secuencias. La investigación moderna de minería de secuencias está especializada en el análisis de patrones secuenciales que son relevantes y distintos entre sí, y se puede analizar la similitud y la distancia de las secuencias recuperadas entre diferentes secuencias de proteínas. La retinopatía diabética es la principal causa de ceguera en personas, en su mayoría adultos con diabetes, y es el problema común de la diabetes mellitus en todo el mundo. Varios análisis de investigación indicaron que hay muchas proteínas que se encuentran para participar en la retinopatía diabética. En este documento, hemos evaluado ciertas proteínas que están estrechamente relacionadas con la retinopatía diabética con la ayuda de una herramienta de alineación múltiple, a saber. Clustal Omega y obtuvo un árbol filogenético de 28 secuencias de proteínas recopiladas del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). En este trabajo, la técnica de minería de datos llamada minería de secuencias juega un papel importante al proporcionar el filograma obtenido con el algoritmo Neighbor-Joining. Del árbol filogenético se reconoció que la cortistatina, el receptor de vitamina D y las proteínas somatostatina tienen una estrecha relación con la retinopatía diabética. También se han realizado estudios de acoplamiento molecular, que es el método más utilizado para el cálculo de las interacciones proteína-ligando. Los estudios de acoplamiento in silico indicaron que cuatro compuestos inhibidores, es decir, quercetina, kaempferol, naringenina y melicitrina, interactúan con la aldosa reductasa, que también tiene un papel en la retinopatía diabética. Los resultados infieren que las técnicas destinadas a estandarizar las actividades de la cortistatina, el receptor de vitamina D y la somatostatina son de gran ventaja y brindan beneficios para inhibir la retinopatía diabética.