Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Identificación de epítopos de células B conformacionales en un antígeno a partir de su secuencia primaria

Hifzur Rahman Ansari

Antecedentes: uno de los principales desafíos en el campo del diseño de vacunas es predecir epítopos de células B conformacionales en un antígeno. En el pasado, se han desarrollado varios métodos para predecir epítopos de células B conformacionales en un antígeno a partir de su estructura terciaria. Este es el primer intento en esta área de predecir el epítopo conformacional de células B en un antígeno a partir de su secuencia de aminoácidos. Resultados: todos los modelos de máquinas de vectores de soporte (SVM) se entrenaron y probaron en 187 cadenas de proteínas no redundantes que consisten en 2261 residuos de epítopos de células B que interactúan con anticuerpos. Los modelos se han desarrollado utilizando el perfil binario de patrón (BPP) y el perfil fisicoquímico de patrones (PPP) y lograron un MCC máximo de 0,22 y 0,17 respectivamente. En este estudio, por primera vez, el modelo SVM se desarrolló utilizando el perfil de composición de patrones (CPP) y logró un MCC máximo de 0,73 con una precisión del 86,59 %. Comparamos nuestro modelo basado en CPP con los métodos basados en estructuras existentes y observamos que nuestro modelo basado en secuencias es tan bueno como los métodos basados en estructuras. Conclusión: Este estudio demuestra que la predicción del epítopo conformacional de células B en un antígeno es posible a partir de su secuencia primaria. Este estudio será muy útil para predecir epítopos conformacionales de células B en antígenos cuyas estructuras terciarias no están disponibles. Se ha desarrollado un servidor web CBTOPE para predecir el epítopo de células B http://www.imtech.res.in/raghava/cbtope/.