Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Identificación de vías de cáncer de mama basada en datos de expresión génica

Elham Musa Abdeljalil1*, Murtada K. Elbashir2, Abdallah Osman Akode3

El análisis de enriquecimiento de vías ayuda a los investigadores a obtener conocimientos mecánicos sobre la lista de genes generados mediante experimentos a escala del genoma (ómicas). En este trabajo, usamos datos de expresión génica del cáncer de mama para reconocer vías genéticas. Las vías se realizaron en base a KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) y GO-ALL (Gene Ontology) utilizando la herramienta PathfindR. Los datos de expresión génica se descargaron del Pan-Cancer-Atlas usando el programa R studio. Los pasos de preprocesamiento se realizaron en el gen descargado datos de expresión. Estos pasos son los siguientes: primero, las muestras atípicas se eliminaron en segundo lugar; una normalización Se aplicó el proceso a los datos. En tercer lugar, se aplica un proceso de filtrado a los datos. El paquete DESeq2 se usa para encontrar Genes expresados diferencialmente (DEG). A partir de entonces, utilizamos el software pathfindR para realizar el enriquecimiento análisis .también, y construimos una red de Interacción Proteína-Proteína para detectar subredes activas. Los resultados indicaron que hay 73, 63 vías principales que están asociadas con nuestro diferencialmente expresado Genes en las vías GO y KEGG respectivamente. Además, los principales genes relacionados con nuestro BRCA incluyen NUP214 NUP62, NUP93, SUMO3, EIF2B1, EIF4A3, RNPS1 y SRRM1.