Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Identificación y Clasificación de Rhizobia por Láser Asistido por Matriz Espectrometría de masas de tiempo de vuelo de desorción/ionización

Rui Zong Jia, Rong Juan Zhang, Qing Wei, Wen Feng Chen, Il Kyu Cho, Wen Xin Chen y Qing X Li

La espectrometría de masas (MS) se ha utilizado ampliamente para el análisis específico, sensible y rápido de proteínas y ha demostrado un alto potencial para la identificación y caracterización bacteriana. Cepas tipo de cuatro especies de rizobios y Escherichia coli DH5α se emplearon como bacterias de referencia para optimizar varios parámetros para la identificación y clasificación de especies de rizobios mediante MS de tiempo de vuelo de desorción/ionización láser asistida por matriz (MALDI-TOF MS). Los parámetros optimizados incluyeron estados del medio de cultivo (líquido o sólido), fases de crecimiento bacteriano, temperatura y duración del almacenamiento de colonias y procesamiento de datos de proteínas para mejorar la resolución, precisión y confiabilidad de la identificación bacteriana. El estado medio tuvo pocos efectos sobre los espectros de masas de los perfiles de proteínas. Un tiempo de muestreo adecuado fue entre la fase exponencial y la fase estacionaria. Se observaron perfiles espectrales de masa de proteína consistentes para colonias de E. coli cultivadas previamente durante 14 días y rizobios durante 21 días a 4 °C o 21 °C. Se construyó un dendrograma de 75 cepas de rizobios de 4 géneros en base a los espectros de masas MALDI-TOF y los patrones topológicos coincidieron bien con los del árbol filogenético 16S rDNA. El potencial de desarrollar una base de datos de espectros de masas para todas las especies de rizobios se evaluó con muestras ciegas. Todo el proceso, desde la preparación de la muestra hasta la identificación y clasificación precisas de las especies, requirió aproximadamente una hora.