Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Identificación y caracterización de proteínas de membrana de ratón Tejido cerebral

Nguyen Tien Dung, Do Huu Chi, Le Thi Bich Thao, Nguyen Thi Kim Dung, Nguyen Bich Nhi y Phan Van Chi

Las proteínas de membrana son objetivos atractivos para la investigación proteómica debido a sus funciones vitales en numerosos procesos de la célula, incluidos: adhesión celular, respuesta inmunitaria, metabolismo y transducción de señales... En Al comienzo de la investigación en proteómica, la electroforesis en gel bidimensional (2D-PAGE) se utilizó de forma rutinaria para separar muestras proteómicas complejas. Sin embargo, este método enfrenta dificultades para separar proteínas de membrana debido a su hidrofobicidad. En este estudio, se prepararon fracciones de membrana de cerebro de ratón mediante extracción de carbonato y ultracentrifugación. Se presentó la separación e identificación de las proteínas de membrana utilizando un enfoque basado en gel en combinación con cromatografía de nanolíquidos bidimensional acoplada en línea con espectrometría de masas en tándem (2DNanoLC-Q-TOF-MS/MS). En total, se verificaron y predijeron 298 proteínas de membrana identificadas de tejidos cerebrales de ratón mediante la base de datos UniProt, los algoritmos SOSUI y TMHMM. Entre ellas, 129 (43,3 %) proteínas que tienen al menos un dominio transmembrana fueron predichas por SOSUI y TMHMM. Además, también se clasificaron la función, la ubicación subcelular y el valor de hidrofobicidad de las proteínas de membrana identificadas.