Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

ICPL_ESIQuant: una poderosa herramienta gratuita para el manejo de experimentos de proteómica LCESI- MS2

Achim Brunner, Josef Kellermann y Friedrich Lottspeich

Entre los métodos cuantitativos basados en MS que utilizan el etiquetado de isótopos estables, la técnica de etiquetado de proteínas codificadas por isótopos (ICPL) ha surgido como una herramienta poderosa para identificar y cuantificar relativamente miles de proteínas dentro de mezclas de proteínas complejas. El paquete de software ICPL_ESIQuant 3.0 es uno de los componentes clave del flujo de trabajo de ICPL-ESI, que cubre pasos de procesamiento de datos como la detección de características de LC-MS, la cuantificación de dobletes, tripletes y cuádruples de ICPL, así como un paso de fusión de características de LC-MS y búsqueda de mascotas. resultados. Como características únicas, el software realiza correcciones de superposición de patrones de isótopos y utiliza conocimientos químicos adicionales, p. las propiedades físico-químicas de las etiquetas ICPL, para descartar el patrón de isótopos falsos positivos, lo que mejora significativamente la calidad de los resultados finales de péptidos y proteínas.

ICPL_ESIQuant es la primera herramienta gratuita del mercado que admite tanto la estrategia de proteómica de escopeta mediante la adquisición de datos dependientes (DDA) como la estrategia de proteómica dirigida mediante el uso de listas de inclusión masiva para la selección de iones precursores.

ICPL_ESIQuant 3.0 (versiones de 32 y 64 bits) se puede descargar desde https://sourceforge.net/projects/icplquant/files/