Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Modelado de homología y análisis estructural del antiportador NHX de Leptochloa fusca (L.)

Bahman Panahi, Nasrin Moshtaghi, Ibrahim Torktaz, Askar panahi y Sudeep Roy

Los transportadores NHX eucarióticos son proteínas transmembrana que son vitales para la homeostasis celular. Se ha sugerido que los antiportadores NHX vacuolares de las plantas participan en el secuestro de Na+ en las vacuolas, previniendo así los efectos tóxicos del Na+ en el citoplasma. El análisis de la estructura primaria y secundaria del antiportador NHX de Leptochloa fusca sugirió que este antiportador es una proteína hidrofóbica que contiene una proporción significativa de hélices alfa. En este estudio, se predijeron estructuras tridimensionales del antiportador NHX mediante estudios de modelado de homología 3D in silico. El modelo resultante se perfeccionó mediante la minimización de energía, se sometió a la evaluación de calidad tanto desde el punto de vista geométrico como energético y se encontró que tenía una calidad razonable. La validación de la estructura 3D se realizó trazando el diagrama de Ramachandran y calculando la puntuación QMEAN. Esta información predicha ayudará a comprender mejor los mecanismos subyacentes a la tolerancia a la sal en las plantas monocotiledóneas y al uso de esta información en la ingeniería de proteínas para mejorar las plantas a condiciones de alta salinidad.