Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Modelado de homología y análisis funcional de la proteína LPG2 de cepas de Leishmania

Ganesh Chandra Sahoo, Manas Ranjan Dikhit, Mukta Rani y Pradeep Das

Dado que persiste el problema de resistencia a fármacos en caso de leishmaniasis, modelado y análisis de diferentes proteínas esenciales de Leishmania nos ayudarán a descubrir nuevos compuestos de plomo. La proteína lipofosfoglicano 2 (LPG2) es necesaria para el desarrollo de Leishmania a lo largo de su ciclo de vida, incluida la virulencia en el huésped mamífero. LPG2 participa en una vía de virulencia especializada, que puede ofrecer un objetivo atractivo para la quimioterapia. Se han construido modelos de homología de LPG2 de cinco especies de Leishmania utilizando las estructuras de rayos X de diferentes proteínas transportadoras como plantillas, mediante principios comparativos de modelado de proteínas. El modelo resultante tiene la estereoquímica correcta medida a partir del diagrama de Ramachandran y una buena compatibilidad de estructura tridimensional (3-D) según la evaluación de las puntuaciones de Procheck y Profiles-3D. La asignación funcional de la proteína LPG2 de las cepas de Leishmania por SVM reveló que, junto con la actividad de los transportadores, también realiza varias funciones novedosas, p. aglutinante de hierro, aglutinante de sodio, aglutinante de cobre. También pertenece a la proteína de la familia de facilitadores principales (MFS) y a la familia de vías secretoras tipo II (general) (IISP). Se han identificado importantes motivos funcionales en la proteína LPG2 de diferentes cepas de Leishmania usando diferentes programas. Los sitios potenciales de unión a ligandos (LBS) en la proteína LPG2 de estas cepas se identificaron utilizando el programa Pocket Finder. Sobre la base de la estructura de los sitios de unión del ligando, se pueden diseñar inhibidores de LPG2 particulares. La similitud en la estructura molecular, la función y las diferencias en LBS de LPG2 de L. donovani, L. major, L. infantum, L. braziliensis y L. mexicana proporcionan evidencias para los inhibidores selectivos y específicos de LPG2.