Bioquímica y Farmacología: Acceso abierto
Acceso abierto
ISSN: 2167-0501
ISSN: 2167-0501
mateo perini
Las infecciones asociadas a la atención médica son una carga importante para la salud pública en todo el mundo. La vigilancia hospitalaria es una de las estrategias más efectivas para controlar la propagación de patógenos en entornos hospitalarios. La tipificación de secuencias multilocus (MLST) y la secuenciación del genoma completo (WGS) son métodos comunes para la tipificación de patógenos en los hospitales. Estos métodos son costosos y/o consumen mucho tiempo y/o requieren habilidades especializadas. Esto ha limitado su aplicación en los programas de vigilancia hospitalaria en tiempo real. La fusión de alta resolución (HRM) es un método basado en PCR para discriminar amplicones en función de sus temperaturas de fusión. Por lo tanto, un protocolo HRM diseñado en genes hipervariables de un patógeno se puede utilizar para discriminar clones: este enfoque se denomina HRM Typing o HRMT. Diseñar cebadores en genes hipervariables es un desafío, por lo que desarrollamos EasyPrimer: una herramienta web capaz de identificar las regiones más adecuadas para el diseño de cebadores HRM. Las temperaturas de fusión obtenidas de la caracterización HRMT de aislamientos hospitalarios se pueden utilizar para identificar clones y realizar análisis de transmisión. Para facilitar este paso, desarrollamos MeltingPlot: una herramienta web fácil de usar diseñada específicamente para la aplicación HRMT en entornos hospitalarios. Validamos este enfoque HRMT en Klebsiella pneumoniae. Desarrollamos un protocolo HRMT usando EasyPrimer y realizamos un análisis de vigilancia en un hospital italiano usando HRMT, MLST y WGS. Los tres métodos identificaron grupos de K. pneumoniae muy similares. Teniendo en cuenta que HRMT es más rápido (~5 horas) y menos costoso (~5 euros por aislado) que MLST y WGS, este resultado muestra claramente que HRMT es adecuado para programas de vigilancia en tiempo real en entornos hospitalarios.