Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

GPDE: una visión biológica de PRIDE

Johannes Griss y Christopher Gerner

La proteómica clínica es impensable sin el uso extensivo del metanálisis. Mediante el desarrollo del formato de datos de lenguaje de marcado extensivo (XML) del Motor de base de datos de identificación de proteómica (PRIDE) en 2005, se creó un formato de datos estandarizado para la publicación de datos de proteómica. Aquí presentamos Griss Proteomics Database Engine (GPDE, http://www .griss.co.at/?GPDE ): una herramienta bioinformática basada en web de código abierto que utiliza las posibilidades de este formato de datos estandarizado para crear metanálisis sobre un número ilimitado de experimentos proteómicos. Sus objetivos son (1) ser totalmente compatible con el esquema de datos PRIDE XML, (2) integrar los datos de diferentes experimentos o proyectos basados en "tipos de células" especialmente definidos. disolviendo así las “fronteras” entre diferentes experimentos y (3) para proporcionar una interfaz web intuitiva para acceder a datos que de otro modo solo serían accesibles a través de consultas complejas. El GPDE es un software gratuito y está disponible para su descarga según los términos de la Licencia pública general Af fer (AGPL, http://www.fsf.org/licensing/licenses/agpl-3.0.html). El GPDE es utilizado actualmente por los Laboratorios de Proteómica Clínica de la Universidad Médica de V ienna (CPL/MUW) (disponible en http://www.meduniwien.ac.at/pr oteomics/database). Allí, la GPDE se usa de tres maneras diferentes: 1) como una alternativa in silico a múltiples análisis occidentales; 2) para proporcionar un fácil acceso a los mapas de referencia de proteómeros celulares y 3) para respaldar de manera confiable la evaluación de la especificidad de los candidatos a biomarcadores.