Transcriptómica: Acceso Abierto
Acceso abierto
ISSN: 2329-8936
ISSN: 2329-8936
Shridhar Jambagi, Jim M. Dunwell
Antecedentes: Podosphaera aphanis, el agente causal del mildiu polvoroso de la fresa causa pérdidas económicas significativas en todo el mundo.
Métodos: Utilizamos la especie de fresa diploide Fragaria vesca como modelo para estudiar las interacciones entre patógenos y plantas. Se empleó RNA-seq para generar un conjunto de datos transcriptómicos a partir de dos accesiones, F. vesca ssp. vesca Hawaii 4 (HW) y F. vesca f. semperflorens Yellow Wonder 5AF7 (YW) al día 1 (1 DAI) y al día 8 (8 DAI) después de la infección.
Resultados: Del total de lecturas identificadas, alrededor de 999 millones (92 %) se asignaron al genoma de F. vesca. Estas transcripciones se derivaron de un total de 23470 y 23464 genes en HW y YW, respectivamente, de los tres puntos de tiempo (control, 1 y 8 DAI). El análisis identificó 1567, 1846 y 1145 genes regulados al alza entre el control y 1 DAI, el control y 8 DAI, y 1 y 8 DAI, respectivamente en HW. Del mismo modo, 1336, 1619 y 968 genes estaban regulados positivamente en YW. También se identificaron 646, 1098 y 624 genes regulados a la baja en HW, mientras que 571, 754 y 627 genes estaban regulados a la baja en YW entre los tres puntos de tiempo, respectivamente.
Conclusión: La investigación de genes expresados diferencialmente (cambios log2 veces ?5) entre el control y 1 DAI tanto en HW como en YW identificó una gran cantidad de genes relacionados con el metabolismo secundario, la transducción de señales; la regulación transcripcional y la resistencia a enfermedades fueron altamente expresadas. Estos incluyeron flavonoide 3´-monooxigenasa-monooxigenasa, peroxidasa 15, glucano endo-1,3-?-glucosidasa 2, quinasas similares a receptores, factores de transcripción, proteínas similares a germina, proteínas de caja F, NB-ARC y NBS -Proteínas LRR. Esta es la primera aplicación de RNA-seq a cualquier interacción patógena en fresa.