Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Proteómica global: toma de decisiones farmacodinámicas a través de interpretaciones geométricas de análisis proteómicos

Paul Kearney, Nathan L. Currier, Daniel Chelsky, Clarissa Desjardins, Patrice Hugo, Joanna Hunter, Eustache Paramithiotis, Marc Riviere, Olivier Maes, Howard M. Cherkow y Hyman M. Schipper

Las enfermedades y los fármacos pueden modular las concentraciones de cientos de proteínas en la sangre que pueden medirse con precisión utilizando métodos proteómicos contemporáneos. No obstante, es una práctica común reducir la pluralidad de enfermedades y efectos de fármacos mediante unas pocas proteínas con fines pragmáticos del desarrollo de inmunoensayos. La gran mayoría de los biomarcadores putativos descubiertos por este enfoque reduccionista nunca llegan a la clínica por dos razones: el tiempo y el costo prohibitivos del desarrollo del ensayo y el riesgo agudo de que falle un panel de proteínas reducido cuando se valida en una muestra representativa más amplia de la población. Global Proteomics es una metodología alternativa en la que todas las proteínas de la sangre moduladas por una enfermedad o un fármaco se utilizan para resolver cuestiones farmacodinámicas sin el tiempo, el costo y el riesgo de desarrollar un inmunoensayo. El enfoque de Global Proteómica se aplicó a un estudio de Alzheimer donde se demostró que un gran panel de proteínas plasmáticas predice la gravedad de la enfermedad (según lo medido por el Mini Examen del Estado Mental). Además, se demostró que un subconjunto de este panel está modulado por el tratamiento de la enfermedad (donepezil), lo que proporciona un medio para cuantificar la respuesta al tratamiento. Finalmente, para establecer que la metodología de Global Proteomics tiene una amplia utilidad, también se aplicó a un estudio de hipertensión, lo que ilustra que también se puede derivar un panel de proteínas plasmáticas que se correlacionan con la gravedad de la enfermedad (medida por la presión arterial). En particular, la metodología de Global Proteomics puede distinguir fácilmente los pacientes que responden y los que no responden a las terapias para la hipertensión. El enfoque de Global Proteomics se basa en un enfoque de análisis bioinformático que agrupa las muestras por similitud proteómica y luego utiliza una representación geométrica de la similitud de la muestra para responder preguntas comunes sobre farmacodinámica.