Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

GExMap: una herramienta visual intuitiva para detectar y analizar la distribución genómica en listas de genes expresados diferencialmente generadas por micromatrices

Nicolas Cagnard, Carlo Lucchesi y Gilles Chiocchia

Las tecnologías de alto rendimiento, como las micromatrices de ADN, generan una gran cantidad de datos, que son difíciles de interpretar. Los biólogos requieren herramientas fáciles de usar para analizarlos y explorar nuevas hipótesis científicas. Proponemos una herramienta de minería de datos visuales para extraer un nuevo tipo de información genómica útil enterrada en listas de genes generadas por estudios de expresión diferencial. Comparamos la distribución genómica que se observa dentro de la lista de genes con la distribución esperada, que se estima a partir de bases de datos genómicas públicas. Un algoritmo de investigación y una prueba estadística dan resultados fiables y óptimos. GExMap ayuda a identificar regiones genómicas que están enriquecidas en genes cuya expresión diferencial es de interés potencial para enfermedades diana. Este software está disponible gratuitamente20 y se puede personalizar fácilmente. Dado que las fuentes se actualizan con frecuencia, ofrece herramientas para actualizaciones en cualquier momento. GExMap es utilizable por cualquier plataforma de microarray disponible comercial y públicamente. Además, GExMap ayuda en la interpretación al mostrar una lista ordenada para cada ontología de genes. Actualmente, GExMap también se puede utilizar para analizar listas de genes no solo del genoma del Homo sapiens sino también de los genomas de Mus musculus y Rattus norvegicus.