Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Genotipado de virus de las paperas basado en el gen SH: desarrollo de un servidor utilizando métodos basados en alineación y sin alineación

Pandurang S Kolekar, Mohan M Kale, Urmila Kulkarni-Kale

Antecedentes
Las paperas son una enfermedad infantil infecciosa aguda causada por el virus de las paperas (MuV), un miembro del género Rubu-lavirus, familia Paramyxoviridae. Con base en la variabilidad genética en los genes hidrofóbicos pequeños (SH), actualmente los MuV se han dividido en doce genotipos confirmados designados como A-L y un genotipo propuesto, M. A pesar del éxito del programa de vacunación, se observa que algunos genotipos circulan conjuntamente entre los vacunados. población. Además, se informa la falta de protección cruzada entre diferentes genotipos y, por lo tanto, como parte de la vigilancia epidemiológica, la OMS ha recomendado la genotipificación de MuV. Actualmente, el genotipado se lleva a cabo mediante el análisis de filogenia molecular (MPA) de los genes SH y no hay ningún servidor de genotipado disponible para MuV. El presente estudio informa sobre el desarrollo de un servidor de genotipado para el mismo, que emplea tres métodos independientes. El servidor utiliza dos métodos convencionales, a saber, BLAST, MPA y un método novedoso basado en la distribución del tiempo de retorno (RTD), que se desarrolla internamente.
Resultados
Se desarrolla un servidor para el genotipado del virus de las paperas y está disponible en http://bioinfo.net.in/muv/homepage.html. El método libre de alineación basado en RTD se desarrolló inicialmente para MPA y se aplica por primera vez para el genotipado de MuV. Se encuentra que tiene un 98,95% de precisión cuando se mide usando el método de validación cruzada de dejar uno fuera en conjuntos de datos de referencia y de prueba. Además de RTD, el servidor también implementa BLAST y MPA para el genotipado de MuV. Se encontró que los tres métodos eran altamente confiables, como lo demuestran las predicciones de consenso.
Conclusiones
Se desarrolla y valida un servidor para el genotipado de MuV, que implementa enfoques bioinformáticos basados en secuencias, utilizando secuencias del gen SH de genotipos conocidos. Este servidor será útil para la vigilancia epidemiológica y para monitorear la circulación de genotipos MuV dentro y entre áreas geográficas. Esto también facilitará los estudios filodinámicos de los virus de las paperas.