Revista de Oftalmología Clínica y Experimental
Acceso abierto

abstracto

Análisis genómico de ratones mutantes Knockin Cryaa-R49C y Cryab-R120G: seguimiento de 10 años

Fred Kolling IV, Carol Ringelberg, Mia Wallace, Usha P Andley

Objetivo: Dos muestras experimentales de una línea de ratones que contienen modificaciones Cryaa o Cryab en un grupo predominantemente Se investigó el fondo C57Bl/6 utilizando células madre embrionarias de la cepa de ratón 129Sv. El objetivo era volver a examinar el antecedente genético preciso de los ratones 10 años después de que se convirtieran al antecedente C57Bl/6.

Resultados: Los antecedentes genéticos de los ratones se evaluaron en el DartMouse™ Instalación de núcleo congénico de velocidad en la Escuela de Medicina Geisel en Dartmouth. DartMouse utilizó el ensayo de genotipado Infinium de Illumina, Inc. para interrogar a un panel personalizado de 5307 SNP que se extendieron por todo el genoma. Los datos de SNP sin procesar se analizaron utilizando DartMouse SNaPMap ™ y Map-Synth™ software, que permitió la identificación de antecedentes genéticos en cada ubicación SNP para cada ratón. Como parte del análisis, se eliminaron 323 SNP de los datos antes de generar mapas cromosómicos debido a protocolos de control de calidad internos. De los 4984 SNP restantes, el 44,56 % no eran informativos (no eran polimórficos entre los dos antecedentes genéticos relevantes) y aproximadamente el 0,91 % proporcionaban datos no interpretables. El 54,53 % restante de los SNP devueltos estaban bien distribuidos por todo el genoma. Se determinó que los antecedentes genéticos eran 98-99 % C57Bl/6J, que era el origen deseado.