Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Extracción del genoma de Streptomyces formicae KY5 para posibles caracterizaciones de productos naturales similares a fármacos

Mohibullah Shah*, Sana Gul, Adnan Amjad, Muhammad Sameem Javed, Batool Fatima, Haq Nawaz, Jaweria Ishaq

El género Streptomyces ha sido una fuente de varios metabolitos bioactivos clínicamente significativos. Taxonómicamente, Streptomyces formicae KY5 es una especie nueva y diferente. Las secuencias completas del genoma de S. formicae KY5 están disponibles en las bases de datos públicas de secuencias de ADN para diferentes análisis. La accesibilidad de la secuencia genómica presenta una excelente oportunidad para explorar el potencial de metabolitos secundarios de esta especie distinta de Streptomyces. En este estudio, empleamos los recursos bioinformáticos avanzados para anotar la secuencia del genoma total de S. formicae KY5. Se aplican herramientas bioinformáticas para localizar todos los metabolitos secundarios que se esconden debajo de sus grupos de genes biosintéticos (BGC). Se encuentra que S. formicae KY5 sintetiza distintos y diversos metabolitos secundarios al someterse a la codificación genómica designada. El análisis predictivo transmite que esta cepa tiene 34 grupos de genes para codificar metabolitos secundarios potenciales. Para la similitud estructural con otros medicamentos, escaneamos la base de datos del banco de medicamentos, el objetivo del fármaco y el fármaco con la similitud más alta se recuperó de PDB para el acoplamiento molecular. El análisis de acoplamiento molecular se llevó a cabo a través de una herramienta operativa molecular para evaluar el potencial similar a las drogas de los compuestos químicos. Se predijeron tres compuestos similares a fármacos a partir de S.