Revista internacional de minería de datos biomédicos
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abstracto

Genetic variation among the population of wild Blue Rock pigeon

Jani VR

Las especies de aves pueden viajar más tiempo. Por lo tanto, las aves tienen la posibilidad de transferir genes a un ritmo mayor que los mamíferos. Los mamíferos, aunque pueden moverse de un lugar a otro; están limitados por su nicho. Blue Rock Pigeon es una especie local. A pesar de ser una especie local , la paloma bravía azul es conocida por su gran capacidad de movimiento. Sin embargo, la variación genética depende del sistema de apareamiento de especies particulares. El ADN se aisló de la muestra fecal de paloma bravía azul individual. Se analizó la pureza y la cantidad del ADN en un espectrofotómetro UV-Vis. Se utilizó el análisis RAPD para analizar la variación genética.

La ingeniería hereditaria para algunos atributos determinados en las palomas es presumiblemente sencilla en general, probablemente más que la variedad de características interespecíficas entre numerosas especies silvestres, ya que los criadores con frecuencia se centran en la variedad subjetiva en lugar de la cuantitativa; esto crea la oportunidad de distinguir cualidades responsables de los contrastes entre razas. Además, algunas características morfológicas muestran ejemplos comparables de variedad en varias variedades, lo que hace posible probar si las cualidades equivalentes o diversas subyacen a fenotipos comparables. A pesar de estas circunstancias favorables, la paloma está infrautilizada como modelo para la premisa hereditaria subatómica de la variedad aviar debido a la escasez de activos hereditarios y genómicos para este animal alado.

Analizamos la variedad genómica decente, la estructura hereditaria y las conexiones filogenéticas entre las variedades locales y las poblaciones no domesticadas (animales alados de vida libre separados de los domésticos) de la paloma de piedra. El genoma de referencia de la palomase secuenció de un vaso danés macho con la etapa Illumina HiSeq2000, y también volvimos a secuenciar 40 genomas adicionales de C. livia a una inclusión de 8 a 26 pliegues (38 personas de 36 variedades residenciales y dos palomas no domesticadas). La variedad variada de nucleótidos de todo el genoma en la paloma de piedra (π = 3,6 × 10-3) y el indicador de tasa de transformación en la ascendencia de la paloma (1,42 × 10-9 reemplazos sitio-1 año-1 ± 2,60 × 10-12 SE) son equivalente a otras especies de aves. La heterocigosidad observada muestra un enorme tamaño de población exitoso para la paloma de piedra de Ne≈521,000; Las conjeturas de segmento que dependen del rango de recurrencia del alelo demuestran que, además de un cuello de botella excepcionalmente continuo, Ne se ha mantenido sorprendentemente constante durante los últimos 1,5 millones de años.

Los ejemplos de desequilibrio de ligamiento (LD) son característicos de los tamaños de haplotipos y las tasas de recombinación de todo el genoma, y ​​educan las opciones sobre los sistemas de planificación hereditaria. Utilizando la información del genotipo de los 40 genomas de C. livia resecuenciados, encontramos que el significado de "LD útil" (r2> 0.3) se pudre en 2.2 kb. Esto sugiere que deberíamos esperar poca LD entre conjuntos comunes de cualidades en una investigación entre razas; en este sentido, la paloma es apropiada para los procedimientos de planificación de afiliación.

Utilizamos todo nuestro genomainformación para decidir las conexiones de raza utilizando 1,48 millones de loci variables. Un árbol de unión de vecinos establecido en C. rupestris, los tipos hermanos de C. livia, produjo algunos racimos muy reforzados. En particular, las dos palomas no domesticadas se juntaron con las variedades de acacia y jonrón (ramas rosadas), lo que ayudó a evitar los jonrones. son probablemente importantes partidarios de las poblaciones no domesticadas. Al igual que con muchas especies domesticadas, el avance de las palomas probablemente no sea solo directo o de varios niveles. En consecuencia, inspeccionamos la estructura hereditaria entre las razas investigando 3950 loci con ADMIXTURE, y encontramos un mejor ajuste del modelo en K = 1 (una población solitaria, donde K es la cantidad de poblaciones familiares esperadas). En cualquier caso, las estimaciones más altas de K también pueden ser naturalmente educativas. nuestra investigacionincorpora las genealogías más establecidas de palomas domésticas y razas que no se enviaron desde el Medio Oriente hasta finales del siglo XIX o mediados del siglo XX, brindando información sobre los posibles puntos de partida geográficos de las razas y su comercio a lo largo de antiguas rutas de navegación .

Ciertos atributos en las criaturas voladoras domesticadas se desarrollarán en general a lo largo de una dirección transitoria anticipada, con variedad de colores apareciendo en las fases más puntuales del entrenamiento, seguido por plumaje y variedad auxiliar (esquelético y tejido delicado), por último, contrastes sociales. Una de las cualidades determinadas hereditariamente menos difíciles de las palomas es el pico de la cabeza. Los picos de cabeza son adornos básicos en muchas especies de criaturas aladas.y son estructuras de presentación significativas en la determinación de pareja. En las palomas, los picos de la cabeza se componen del cuello y las púas occipitales con la extremidad de desarrollo girada, hasta el punto de que las plumas se desarrollan hacia la cabeza de la cabeza en lugar del cuello. Los picos pueden ser tan pequeños y simples como un pináculo de púas, o tan detallados como la capucha del jacobino que rodea la cabeza. Sorprendentemente, las pruebas tradicionales de cualidades hereditarias sugieren que el pico de la cabeza se aísla como una característica pasiva mendeliana simple. Además, investigaciones anteriores recomiendan que un locus similar controle la proximidad de un pico en diversas variedades, ya sea con alelos electivos en este locus o loci modificadores adicionales que controlen el grado de avance del pico.

En las palomas picudas, la extremidad de la placoda del penacho y el crecimiento de las yemas se invierten durante la embriogénesis. La articulación de EphB2 no está embelesada en las primeras placodas, por lo que es probable que los impactos del cambio cr en la extremidad de la pluma se apliquen antes de desarrollarse. ¿Por qué motivo el fenotipo máximo puede estar limitado a la cabeza y el cuello? En monstruos de pollo de cuello desnudo, la creación regionalizada de corrosivo retinoico permite una regulación positiva uniforme de la articulación Bmp7 para cambiar la pielfenotipos en el cuello pero no en el cuerpo. Además, los picos de la cabeza de algunas variedades de pollos, en los que las plumas se prolongan pero no tienen una dirección de desarrollo cambiada como en las palomas, se limitan a la cabeza de la cabeza probablemente debido a la articulación ectópica de las indicaciones posicionales de Hox. Juntos, estos modelos dan prueba de la regionalización de la creación de la piel de la cabeza y el cuello en el pollo. Sugerimos que los sistemas indiferenciados pueden ser la base de la regionalización de la piel en la paloma y permitir que el cr cambie la extremidad de la pluma en el occipucio y el cuello, pero no en otro lugar.

nuestra investigacionde palomas de piedra locales representa cómo la unión de genómicas similares y exámenes basados ​​en la población avanza en nuestra comprensión de las conexiones hereditarias y la premisa genómica de las características. Muchas de las cualidades que cambian entre las razas de palomas también fluctúan entre las formas salvajes de las criaturas voladoras y otras criaturas (2, 25); en este sentido, las palomas hablan de un modelo para reconocer la premisa hereditaria de variedad en atributos de intriga general. Además, la variedad en numerosas características de las palomas residenciales, incluido el fenotipo del pico de la cabeza que se muestra aquí, es valiosa en lugar de retrógrada: las razas obtenidas de la paloma de piedra genealógica tienen cualidades que el predecesor no tiene. Si bien las cualidades versátiles hacia atrás son significativas, la premisa hereditaria de los atributos productivos en los vertebrados sigue siendo igualmente ineficazmente comprendida. En consecuencia, la paloma doméstica es un modelo prometedor para investigar la ingeniería hereditaria de determinados fenotipos productivos en un polluelo que es manejable para el examen hereditario, genómico y formativo.