Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto
ISSN: 0974-276X
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Arivusudar Marimuthu, Harrys K.C. Jacob, Aniruddha Jakharia, Yashwanth Subbannayya, Shivakumar Keerthikumar, Manoj Kumar Kashyap, Renu Goel, Lavanya Balakrishnan, Sutopa Dwivedi, Swapnali Pathare, Jyoti Bajpai Dikshit, Jagadeesha Maharudraiah, Sujay Singh, Ghantasala S Sameer Kumar, M. Vijayakumar, Kariyanakatte Ve Eraiah Veerendra Kumar , Chennagiri Sri
El cáncer gástrico es la segunda causa principal de muerte por cáncer en todo el mundo, tanto en hombres como en mujeres. Se llevó a cabo un análisis de expresión génica de todo el genoma para identificar genes expresados diferencialmente en tejidos de adenocarcinoma gástrico en comparación con tejidos normales adyacentes. Utilizamos la plataforma de microarrays de oligonucleótidos del genoma humano completo de Agilent que representaba 41 000 genes para llevar a cabo el análisis de la expresión génica. Se empleó el análisis de micromatrices de dos colores para comparar directamente la expresión de genes entre tejidos tumorales y normales. A través de este enfoque, identificamos varios genes candidatos previamente conocidos junto con una serie de nuevos genes candidatos en el cáncer gástrico. Testican-1 (SPOCK1) fue una de las nuevas moléculas que se incrementó 10 veces en los tumores. Usando micromatrices de tejido, validamos la expresión de testican-1 mediante tinción inmunohistoquímica. Se sobreexpresó en el 56% (160/282) de los casos probados. El análisis de vías condujo a la identificación de varias redes en las que SPOCK1 se encontraba entre las redes más importantes de genes que interactúan. Mediante el análisis de enriquecimiento de genes, identificamos que varios genes involucrados en la adhesión celular y la proliferación celular estaban significativamente regulados al alza, mientras que los correspondientes a las vías metabólicas estaban significativamente regulados a la baja. Los genes expresados diferencialmente identificados en este estudio son biomarcadores candidatos para el adenoacarcinoma gástrico.