Genómica y biología fúngica
Acceso abierto
ISSN: 2165-8056
ISSN: 2165-8056
Oliver Blechert, Ping Zhan
Antecedentes: El ADN ribosomal (ADNr), que consiste en los genes 18S, 5.8S, 25S y 5S rARN y elementos funcionales no codificantes en eucariotas, es una región del genoma con muy alta actividad con respecto a la transcripción y el reordenamiento genómico. Debido a su estructura altamente repetitiva y compleja, los análisis de secuencia detallados son desafiantes y, a menudo, se descuidan. En este estudio, se realizó una encuesta sistemática de la organización del ADNr en todo el reino fúngico.
Métodos: Analizamos todos los ensamblajes de genomas fúngicos disponibles en NCBI, en total 6779, mediante métodos bioinformáticos. Para esto, desarrollamos un lote de scripts de Python para procesar los datos. Para el ensamblaje de novo de datos NGS, escribimos el programa Ansi C ‘YNGS’.
Resultados: Solo el 15 % de los ensamblajes del genoma fúngico del NCBI poseía la secuencia de una unidad completa de ADNr. La mayoría de los ensamblajes del ADNr estaban incompletos y se interrumpieron en las regiones espaciadoras internas. A continuación, analizamos la organización del ADNr. Basidiomycota, con la excepción de Ustilaginomycetes, tenía insertado el gen 5S en las unidades de ADNr, así como Blastocladiomycota, Chytridiomycota y Mucoromycota. Ascomycota, con la excepción de Saccharomycetes, carecía de inserciones 5S en las unidades de ADNr. Aquí, los genes 5S estaban dispersos en el genoma y las matrices en tándem de genes 5S eran muy poco comunes. Con el software YNGS, ensamblamos 17 unidades completas de ADNr y calculamos una cantidad de 25 a 161 unidades repetidas de ADNr por genoma.
Conclusión: A diferencia de la región del gen rDNA, las regiones espaciadoras internas siguen siendo difíciles de analizar, incluso en la era NGS. La regulación transcripcional, la maquinaria de replicación y los elementos de reordenamiento del genoma se están reuniendo. Se necesitan regulaciones sofisticadas para un flujo fluido.