Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Flujo y: marco computacional integral para el análisis de datos de citometría de flujo

Anna-Maria Lahesmaa-Korpinen, Sari E. Jalkanen, Ping Chen, Erkka Valo, Javier Núñez-Fontarnau, Ville Rantanen, Ali Oghabian, Jukka Vakkila, Kimmo Porkka, Satu Mustjoki y Sampsa Hautaniemi

La citometría de flujo es una tecnología de medición de alto rendimiento ampliamente utilizada en investigación básica y diagnóstico. Recientemente, la cantidad de datos generados a partir de experimentos de citometría de flujo ha ido en aumento, tanto en el número de muestras como en el número de parámetros medidos por celda. Estos conjuntos de datos altamente multivariados se han vuelto demasiado grandes para usar con herramientas que dependen principalmente del análisis manual. Hemos implementado un marco computacional (FlowAnd) que está diseñado para analizar e integrar datos de citometría de flujo multicolor a gran escala. La herramienta implementa métodos para la importación de datos, varias transformaciones, varios algoritmos de agrupación para la agrupación automática, herramientas de visualización y pruebas estadísticas sencillas. Aplicamos FlowAnd a un conjunto de datos de fosfoproteómica de 37 pacientes con leucemia mieloide crónica tratados con dos inhibidores de quinasa. Nuestros resultados indican una alta concordancia entre la activación automática mediante tres algoritmos de agrupamiento y la activación manual. El análisis de más de 70 experimentos de citometría de flujo demuestra la utilidad de las características de FlowAnd, como una herramienta gráfica para la validación rápida de los resultados de agrupamiento, en el análisis de datos de citometría de flujo a gran escala. El marco FlowAnd permite un análisis preciso, rápido y bien documentado de experimentos de citometría de flujo multidimensional. Proporciona varios algoritmos de agrupamiento para activación automática, la posibilidad de agregar herramientas novedosas en varios lenguajes de programación, como Java, R, Python o MATLAB en un entorno apto para computación de alto rendimiento. FlowAnd también se puede modificar fácilmente para cumplir con varios paneles de marcadores y configuraciones de parámetros. FlowAnd, todos los datos y la guía del usuario están disponibles gratuitamente bajo la Licencia pública general de GNU en http://csbi.ltdk.helsinki.fi/flowand.