Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

FLAVIdB: Un sistema de minería de datos para el descubrimiento de conocimiento en flavivirus con aplicaciones directas en inmunología y vac-cinología

Antecedentes El género flavivirus es inusualmente grande, comprende más de 70 especies, de las cuales más de la mitad son patógenos humanos conocidos. Incluye un conjunto de agentes infecciosos clínicamente relevantes, como los virus del dengue, del Nilo occidental, de la fiebre amarilla y de la encefalitis japonesa. Aunque estos patógenos han sido estudiados extensamente, faltan vacunas seguras y eficientes para la mayoría de los flavivirus. Resultados Hemos reunido una base de datos que combina datos antigénicos de flavivirus, herramientas de análisis especializadas y flujos de trabajo para análisis complejos automatizados centrados en aplicaciones en inmunología y vacunología. FLAVIdB contiene 12 858 entradas de secuencias de antígenos de flavivirus, 184 epítopos de células T verificados, 201 epítopos de células B verificados y 4 estructuras moleculares representativas de la proteína de la envoltura del virus del dengue. FLAVIdB se ensambló mediante la recopilación, anotación e integración de datos de GenBank, GenPept, UniProt, IEDB y PDB. Los datos estuvieron sujetos a un extenso control de calidad (eliminación de redundancia, detección de errores y consolidación de vocabulario). Se realizó una anotación adicional de las características funcionalmente relevantes seleccionadas mediante la organización de la información extraída de la literatura. La base de datos se incorporó a un sistema de extracción de datos accesible desde la web, que combina herramientas de análisis de datos especializadas para el análisis integrado de categorías de datos relevantes (secuencias de proteínas, estructuras macromoleculares y epítopos inmunitarios). El sistema de minería de datos incluye herramientas para análisis de variabilidad y conservación, predicción de epítopos de células T y caracterización de componentes neutralizantes de epítopos de células B. Se puede acceder a FLAVIdB en cvc.dfci.harvard.edu/flavi/ Conclusión FLAVIdB representa una nueva generación de bases de datos en las que los datos y las herramientas se integran en infraestructuras de minería de datos diseñadas específicamente para ayudar al diseño racional de vacunas mediante el descubrimiento de objetivos de vacunas.