Revista de bioquímica y fisiología vegetal
Acceso abierto

abstracto

Mapeo genético a escala fina del locus TT9 de Arabidopsis thaliana

Hood MI, Winkel BSJ y Pelletier MK

Se han aislado numerosos mutantes de testa transparente (tt) o semilla deficiente en tanino (tds) en la planta modelo Arabidopsis thaliana. Estos mutantes se caracterizan por una reducción o falta de proantocianidinas en la testa, lo que da como resultado semillas de color marrón pálido o amarillo. Entre los mutantes tt, se han clonado todos los genes correspondientes excepto tt9 y 13. Como primer paso para determinar la identidad del locus tt9, se realizó un mapeo genético a escala fina utilizando una población de mapeo resultante de un cruce entre plantas tt9 en el fondo del ecotipo Landsberg erecta (Ler) con plantas de Columbia (Col) de tipo salvaje. Se desarrollaron varios marcadores de polimorfismo de longitud de secuencia simple y se analizó una gran población de plantas. Un análisis extenso de esta población de mapeo sugiere que el locus tt9 se encuentra en una región de 140 000 pares de bases en el cromosoma tres. Según el lanzamiento del genoma TAIR 10 para Arabidopsis, hay treinta y cuatro genes en esta región. Se utilizaron varios enfoques en un esfuerzo por identificar cuál de estos genes es el locus TT9, incluida la secuenciación de los genes candidatos, la comparación de los niveles de ARNm en estado estacionario de los genes candidatos en la línea parental y el mutante tt9, y el análisis de T-DNA marcado. líneas. Sin embargo, el locus TT9 aún no se ha identificado en base a ninguno de estos análisis. Esto sugiere que la mutación de interés puede estar en una región no codificante de un gen candidato, en un micro-ARN u otro gen aún no anotado en el intervalo de mapeo. El mapeo a escala fina que se describe aquí facilitará los esfuerzos futuros para identificar una mutación causal definitiva en este locus esquivo, por ejemplo, mediante la secuenciación del genoma completo.