Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Exploración de la interacción de la secuencia y las características estructurales para determinar la flexibilidad de la familia de proteínas quinasas AGC: un enfoque bioinformático

Amit Kumar Banerjee, Neelima Arora, Varakantham Pranitha y U.S.N. Murty

En este estudio, se utilizó el enfoque de extracción de datos para generar reglas de asociación para predecir el promedio flexibilidad de las diversas secuencias derivadas y características estructurales. Se calcularon 21 parámetros y se calculó su importancia variable para 115 secuencias de la familia de quinasas AGC pertenecientes a ratones y humanos utilizando el árbol de clasificación y regresión (CART). Se encontró que los giros beta tenían la máxima influencia en la flexibilidad promedio, mientras que se encontró que las hebras beta totales ejercían un impacto mínimo en la flexibilidad promedio. Comprender la importancia de la variable resultará útil como un predictor simple de la flexibilidad de una secuencia de aminoácidos. Esto ayudará a una mejor comprensión del fenómeno subyacente a la flexibilidad promedio y, por lo tanto, allanará el camino para el diseño racional de la terapia.