Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Evaluación de una Máquina Automatizada Novedosa, la Auto2D, para Bidimensional Electroforesis en gel

Yuki Tani, Takashi Tajima, Akira Kawai, Yutaka Unuma, Hideki Kinoshita y Tadashi Kondo

La electroforesis en gel bidimensional (2D-PAGE) ha sido una técnica comúnmente utilizada para los estudios de expresión de proteínas. La aplicación de un tinte fluorescente en 2D-PAGE, a saber, 2D-DIGE, ha mejorado el rendimiento de 2D-PAGE en términos de sensibilidad, reproducibilidad y rendimiento. Sin embargo, 2D-PAGE aún requiere un grado de habilidad y consume mucho tiempo. Recientemente, se desarrolló una nueva máquina 2D-PAGE automatizada, Auto2D, para su uso en estudios de expresión de proteínas convencionales. Aquí, examinamos el rendimiento de Auto2D para 2D-DIGE desde el punto de vista de la cobertura, la reproducibilidad y el rendimiento del proteoma. Descubrimos que una sola imagen 2D de células de osteosarcoma contenía 521 puntos de proteína. Al ejecutar una muestra idéntica, descubrimos que la reproducibilidad del sistema era alta y que la intensidad de más de 409 manchas de proteínas se dispersaba dentro de un rango de diferencias de 2 veces entre los experimentos, con un coeficiente de correlación de al menos 0,60. También descubrimos que una sola ejecución de 2D-PAGE tomó 140 minutos y que se podían ejecutar 3 geles por día. Llegamos a la conclusión de que el Auto2D se puede utilizar para estudios de expresión de proteínas convencionales. Por otro lado, como la cantidad de proteínas observadas fue bastante limitada y solo se pueden ejecutar tres geles por día por dispositivo, es posible que Auto2D no sea adecuado para un estudio proteómico a gran escala.