Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Evaluación para plataformas computacionales de proteómica cuantitativa sin etiquetas basada en LC-MS: una visión global

Runxuan Zhang, Alun Barton, Julie Brittenden, Jeffrey T. -J. Huang y Daniel Crowther

La proteómica de escopeta sin etiquetas es un método prometedor de perfilado de proteínas semicuantitativo con capacidad de comparación un gran número de muestras en un solo experimento. Uno de los desafíos clave en este enfoque proteómico es el alto requisito de capacidad computacional para tareas como la detección de características y la alineación LC-MS debido a la complejidad de los sistemas proteómicos. Muchas herramientas de software se han desarrollado en los últimos años para ayudar en estos procesos, pero a menudo no está claro para los usuarios si estas herramientas extraen información de los datos sin procesar de manera correcta y completa. En este documento, describimos un procedimiento completo para proporcionar una vista rápida y global del rendimiento del software computacional sin etiquetas LC-MS. También se proporcionaron dos conjuntos de datos de espectrometría de masas de alta calidad con muestras de control de calidad cuidadosamente controladas y proteínas de spikedina como conjuntos de datos de referencia para dichas evaluaciones.