Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

EpitopeViewer: una aplicación Java para la visualización y análisis de epítopos inmunes en la base de datos y análisis de epítopos inmunes Recurso (IEDB)

John E Beaver, Philip E Bourne y Julia V Ponomarenko

Antecedentes: la información estructural sobre los epítopos, en particular las estructuras tridimensionales (3D) de los antígenos en complejos con los receptores inmunitarios, presenta una valiosa fuente de datos para la inmunología. Esta información está disponible en el Banco de datos de proteínas (PDB) y se proporciona en forma seleccionada por el recurso de análisis y base de datos de epítopos inmunes (IEDB). Con el crecimiento continuo de estos datos y la importancia de comprender las interacciones a nivel molecular de interés inmunológico, existe la necesidad de nuevas herramientas de análisis y visualización molecular especializadas. Resultados: El EpitopeViewer es una aplicación Java independiente de la plataforma para la visualización de la estructura tridimensional y secuencia de epítopos y análisis de sus interacciones con receptores específicos de antígenos del sistema inmune (anticuerpos, receptores de células T y moléculas MHC). El visor presenta vistas en 3D y gráficos bidimensionales de interacciones intermoleculares entre el antígeno y los receptores mediante la lectura de datos seleccionados del IEDB y/o calculados sobre la marcha a partir de coordenadas atómicas del PDB. Las vistas 3D y las interacciones asociadas se pueden guardar para su uso y publicación en el futuro. Se puede acceder a EpitopeViewer desde el sitio web de IEDB http://www.immuneepitope.org a través del enlace rápido 'Examinar registros por estructura 3D.' Conclusión: El EpitopeViewer está diseñado y probado para su uso por inmunólogos con poca o ninguna formación en gráficos moleculares. El EpitopeViewer se puede iniciar desde los navegadores web más populares sin la intervención del usuario. Se requiere Java Runtime Environment (RJE) 1.4.2 o superior