Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Metanálisis mejorado destaca genes involucrados en metástasis a partir de varios conjuntos de datos de micromatrices

Michael Pierre, Benoît DeHertogh, Bertrand DeMeulder, Eric Bareke, Sophie Depiereux, Carine Michiels y Eric Depiereux

La metástasis es la etapa final del cáncer y todavía se asocia con una alta mortalidad a pesar de los avances en los últimos años. La hipoxia en el centro del tumor primario es una de las principales causas de metástasis. Aquí, presentamos una nueva metodología basada en metaanálisis para seleccionar genes involucrados en uno o dos procesos biológicos de varios conjuntos de datos de microarrays utilizando una estadística que evita la definición de un umbral arbitrario, proporcionando resultados estadísticamente significativos. Aplicada a conjuntos de datos de metástasis e hipoxia, esta metodología pudo seleccionar genes que ya se sabía que estaban involucrados en estos fenómenos, así como nuevos candidatos para análisis posteriores. Se seleccionaron 165 genes de interés, muchos de los cuales ya se sabía que estaban implicados en el cáncer, la metástasis y/o la hipoxia. Además, algunos podrían clasificarse en 42 vías, incluidas 12 vías del cáncer y 5 vías de proliferación y motilidad celular. Las pruebas negativas realizadas con genes aleatorios no proporcionaron tales resultados. En validaciones independientes adicionales, se generaron perfiles de expresión para los 165 genes de interés a partir de otros dos conjuntos de datos con células MDA-MB-231, MCF-7 y L3.6pl y los resultados anteriores se confirmaron en la mayoría de los casos.