Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Extracción eficiente de datos de expresión génica a través de novedosos biclusteres binarios Algoritmos

Haifa Ben Saber y Mourad Elloumi

En este documento, presentamos cuatro nuevos algoritmos llamados BiBin Alter, BiBin Cons y BiBin Sim, para la biagrupación de datos de microarreglos binarios. Existen alternativas novedosas para extraer biclusters de conjuntos de datos binarios dispersos. Nuestros algoritmos se basan en los enfoques de Combinación iterativa de agrupamiento de filas y columnas (IRCCC) y Divide y vencerás (DC), la inicialización Bi Max y la función de evaluación Cro Bin. Aplicados en conjuntos de datos sintéticos binarios, nuestros algoritmos superan a otros algoritmos biclustering para datos de microarreglos binarios. Se pueden detectar biclusters con diferentes números de filas y columnas, que varían de muchas filas a pocas columnas y de pocas filas a muchas columnas. Nuestros algoritmos permiten al usuario orientar la búsqueda hacia biclusters de dimensiones específicas.