Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Eficiencia del genoma Cp31 de Corynebacterium pseudotuberculosis Ensamblaje con la Enzima Hi-Q en un Ion Torrent Secuenciación PGM Plataforma

Adonney AO Veras, Pablo HCG de Sa, Kenny C Pinheiro, Diego Assis das Gracas, Rafael Azevedo Barauna, Maria Paula Cruz Schneider, Vasco Azevedo, Rommel TJ Ramos and Artur Silva

A pesar de la alta precisión obtenida a través de plataformas de secuenciación de alto rendimiento (HTS), incluidos métodos de secuenciación como pirosecuenciación (Roche 454), ligasa (Sistema SOLiD) y, recientemente, secuenciación posterior a la luz con Ion Torrent PGM que es capaz de detectar iones liberados durante la secuenciación, todavía hay muchos errores inherentes a la química utilizada por estas plataformas, por ejemplo, INDEL (Inserción/Deleción) que son muy comunes en las plataformas 454 de Roche e Ion Torrent PGM; La sustitución abunda en las plataformas Illumina y SOLiD. Por lo tanto, las empresas de secuenciación han emprendido esfuerzos para abordar estos problemas. Para mejorar la precisión de las lecturas de Ion Torrent PGM, Life Technologies ha desarrollado una enzima llamada Hi-Q.

Este trabajo tiene como objetivo demostrar el rendimiento del ensamblaje del genoma de Corynebacterium pseudotuberculosis Cp31 utilizando la enzima Hi-Q. Para evaluar los resultados, utilizamos un conjunto de datos de Ion Torrent obtenido sin la enzima para la misma cepa.

La secuenciación con la enzima Hi-Q afectó la precisión de las lecturas y mejoró la calidad del ensamblaje. Como resultado, se obtuvo un número elevado de genes completos relacionados con el genoma de referencia en comparación con los datos anteriores (sin Hi-Q). Además, el uso de Hi-Q redujo el número de contigs. Después de evaluar el sesgo de GC en el genoma producido a través de Hi-Q, identificamos una reducción de GC-Bias, lo que puede reducir la cantidad y el tamaño de las brechas generadas en el proceso de ensamblaje del genoma. Además, la comparación de la cantidad de pseudogenes observados en la anotación del genoma de C. pseudotuberculosis 31 disponible en NCBI y el genoma secuenciado por Ion Torrent PGM con una enzima Hi-Q, muestra 3 veces menos pseudogenes en el genoma obtenido a través de Hi- enzima Q.

Así, se validó la alta eficiencia de Hi-Q, que será útil para proyectos de secuenciación de genoma completo y RNASeq, debido a su alta precisión, en comparación con la química anterior.