Revista de Síndromes Genéticos y Terapia Génica
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abstracto

Easychip 8x15k: una nueva herramienta para detectar anomalías cromosómicas en embarazos de bajo riesgo, apoyar e integrar el cariotipo estándar

Viola Alesi, Laura Bernardini, Didier Goidin, Michela Canestrelli, Maria Lisa Dentici, Giuseppe Barrano, Maria Grazia Giuffrida, Anna Maria Nardone, Diana Postorivo, Luigi Laino, Rita Genesio, Bruno Dallapiccola y Antonio Novelli

Durante la última década, el análisis de micromatrices cromosómicas se ha convertido en una prueba de rutina, pero su uso como primer nivel en el diagnóstico prenatal aún genera controversias, especialmente cuando se aplica a embarazos de bajo riesgo. Con el fin de limitar la identificación de hallazgos incidentales (IF) y variantes de significado desconocido (VOUS), diseñamos EasyChip, una plataforma CGH de matriz de oligonucleótidos de baja resolución con una resolución funcional de 3 Mb en la columna vertebral genómica, 300 Kb en regiones subteloméricas. , y 150 Kb en 43 regiones asociadas a trastornos sindrómicos, seleccionadas considerando morbilidad, penetrancia y mecanismos etiológicos. Después de una evaluación "in silico", que mostró que Easychip no descubriría la mayoría de VOUS (24 % frente a 3 %) y cualquier IF, hemos validado EasyChip en 169 muestras de pacientes, 57 muestras retrospectivas con desequilibrios conocidos y 112 muestras prospectivas como parte del proceso de diagnóstico prenatal. Se detectaron todos los reordenamientos conocidos y se detectaron 7 desequilibrios patogénicos adicionales en la cohorte aún sin diagnosticar. Para evaluar la tasa de falsos positivos/negativos, treinta y ocho de las 112 muestras prospectivas también se procesaron en un CGH de matriz de alta resolución, lo que permitió comparar los resultados en términos de utilidad diagnóstica e impacto en la tasa de detección. Ambas plataformas detectaron dos resultados positivos y patogénicos. EasyChip no detectó 10 de los 11 VOUS ni 2 IF descubiertos por la plataforma de alta resolución. Junto con el cariotipo, EasyChip es una herramienta útil en el diagnóstico prenatal con fines de detección en embarazos de bajo riesgo, permite la detección de reordenamientos subteloméricos desequilibrados crípticos, microdeleciones/duplicaciones dentro de 43 regiones sindrómicas y admite el análisis citogenético estándar a nivel de genoma completo. Finalmente, esta herramienta, a diferencia de las plataformas de mayor resolución, reduce significativamente la tasa de detección de VOUS e IF, que representan un gran inconveniente durante el asesoramiento genético, especialmente para embarazos de bajo riesgo, reduce significativamente el tiempo de análisis y limita la necesidad de confirmación adicional. .