Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Diversidad en las interacciones de isoformas vinculadas a transcritos agrupados: un análisis bibliográfico sistemático

Şenay Kafkas, Ekrem Varoğlu, Dietrich Rebholz-Schuhmann y Bahar Taneri

Las bases de datos de interacciones proteína-proteína existentes cubren solo una parte del interactoma y la información de interacción en las isoformas de proteínas está subrepresentada. Esto conduce a una falta de información sobre la similitud funcional de las isoformas de proteínas y los efectos de la diversidad de transcritos en las redes de interacción de proteínas. Presentamos un análisis bibliográfico automatizado integral que extrae interacciones que involucran isoformas de proteínas humanas vinculadas a grupos de transcripciones con una gran similitud de secuencia y las entrega en una base de datos llamada TBIID para el descubrimiento de conocimientos. Medimos la variabilidad de interacción de las isoformas de las transcripciones agrupadas analizando la distribución de sus socios de interacción en TBIID. Casi todos los clústeres analizados (99%) contienen isoformas con socios únicos, lo que indica que las isoformas están especializadas para formar interacciones únicas y, por lo tanto, lograr diversidad funcional, que es similar a los resultados de los recursos públicos. TBIID está disponible en http://tbiid.emu.edu.tr y contiene los candidatos más relevantes para futuros experimentos centrados en comprender las redes de interacción de isoformas y las implicaciones funcionales resultantes.