Revista de glucómica y lipidómica
Acceso abierto

abstracto

Proteómica diferencial mediante cuantificación sin etiquetas para el diagnóstico precoz y el pronóstico de cánceres

Shama P. Mirza

En los últimos años, la proteómica diferencial ha ganado popularidad debido a su capacidad para distinguir proteomas de diferentes estados mediante análisis comparativos. Esto tiene una mayor importancia en la identificación de la enfermedad frente a la condición saludable y, por lo tanto, avanzó aún más en la aplicación de la detección temprana, el diagnóstico y el pronóstico de enfermedades mediante la cuantificación de proteínas basada en espectrometría de masas (MS). Varias estrategias que utilizan enfoques de etiquetado y sin etiquetas han establecido para la cuantificación relativa y absoluta de proteínas. Los desarrollos recientes en la instrumentación de MS, los amplios avances en bioinformática y el poder de cómputo facilitaron la cuantificación de proteínas mediante métodos sin etiquetas. La cuantificación sin etiquetas supera los costosos y extensos flujos de trabajo requeridos en las técnicas de etiquetado. En nuestro laboratorio, estamos utilizando un enfoque de cuantificación sin etiquetas llamado conteo espectral para la identificación de biomarcadores específicos de enfermedades para el diagnóstico temprano y el pronóstico de cánceres, específicamente glioblastoma multiforme (GBM) y cáncer de endometrio (EC). En este estudio, las biopsias tumorales y las muestras de plasma/suero se analizaron mediante SDS-PAGE para minimizar la complejidad del proteoma antes de analizarlas mediante MS utilizando nanoAquity UPLC-LTQ OrbitrapVelos MS. El análisis de datos se llevó a cabo utilizando el algoritmo SEQUEST para la identificación de proteínas y el software Visualize para la cuantificación de las proteínas identificadas mediante el método de conteo espectral. En el estudio GBM, identificamos 2214