Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Desarrollo de un sistema de minería de datos para el perfilado diferencial de glicoproteínas celulares basado en microarrays de lectina

Atsushi Kuno, Yoko Itakura, Masashi Toyoda, Yoriko Takahashi, Masao Yamada, Akihiro Umezawa y Jun Hirabayashi

El microarray de lectinas es una técnica emergente que permite el perfilado multiplexado de glucanos de forma directa, rápida y sensible. Hasta el momento, no ha habido un sistema sólido disponible para la extracción de datos eficiente para realizar perfiles diferenciales, que es un enfoque eficaz para la investigación de biomarcadores. En el presente documento, describimos una estrategia práctica para el descubrimiento de biomarcadores relacionados con glicanos basados en proteómica, con un ejemplo de carcinoma embrionario de ratones y células madre embrionarias y sus formas diferenciadas con ácido retinoico. El sistema de microarrays procesó los datos mediante un procedimiento de máxima normalización después de un proceso de fusión de ganancias, seguido de un análisis de componentes principales.