Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Desmond Lau, Kush Dalal, Benjamin Hon y Frederic Pio
El dominio de muerte PAAD es un dominio de paquete de 6 hélices que contiene una región desordenada en hélice-3. Este dominio puede plegarse por un mecanismo de dos estados, tiene baja estabilidad y puede sufrir diferentes conformaciones parcialmente plegadas. Para identificar los aminoácidos específicos responsables de estas características estructurales, centramos nuestro estudio en el dominio PAAD de IFI16, un sensor de proteínas que reconoce los ácidos nucleicos virales y desencadena la respuesta inflamatoria (interleucina-β) en respuesta a la infección. IFI16-PAAD se mutó aleatoriamente usando evolución dirigida por GFP y los mutantes resultantes con mayor estructura secundaria y estabilidad se identificaron mediante dicroísmo circular y se analizaron para la unión de ácidos nucleicos. Varios mutantes de fusión IFI16-PAAD-GFP que contenían sustituciones I46N/S se tradujeron en una estructura y estabilidad secundarias mejoradas y se observó una correlación directa entre la mejora de la estabilidad/estructura secundaria y su capacidad para desestabilizar el dsDNA. En conclusión, la evolución dirigida por GFP se puede utilizar para obtener mutantes más estructurados y estables y para sondear cambios conformacionales. Estos datos sugieren que los cambios en la conformación del dominio PAAD de IFI16 ocurren cuando el ácido nucleico viral se une a IFI16 y debe ser un factor que contribuye a transducir la respuesta inflamatoria durante la infección viral.