Revista de Pesca y Acuicultura
Acceso abierto

abstracto

Ensamblaje y análisis de novo del transcriptoma testicular del menhaden, Bervoortia tyrannus

Frank J Zadlock IV, Satshil B Rana, Zain A Alvi, Ziping Zhang, Wyatt Murphy y Carolyn S Bentivegna

Antecedentes: El menhaden, Bervoortia tyrannus, es uno de los peces más importantes dentro del ecosistema oceánico y un especies que sustentan las principales pesquerías a lo largo de las costas del Atlántico y del Golfo. Sin embargo, se sabe poco sobre el menhaden desde el punto de vista genético. El objetivo de este proyecto es aplicar secuenciación de alto rendimiento a los testículos de menhaden para proporcionar las herramientas genéticas necesarias para seguir estudiando su dinámica de población

Resultado: aplicamos la tecnología Illumina Next Seq 500 a dos testículos diferentes y usamos Velvet/Oases para realizar el ensamblaje de novo que resultó en la construcción de 254 462 contigs. La aplicación de BLASTX para anotar los contigs en la base de datos de proteínas no redundantes dio como resultado un 46,89 % de coincidencias. Para validar la precisión del ensamblaje, las lecturas se mapearon de nuevo a transcripciones (RMBT) con un porcentaje del 87,83 %. Para verificar experimentalmente los resultados del ensamblaje, se diseñaron cebadores en función del transcriptoma ensamblado y los productos de PCR se verificaron mediante secuenciación de Sanger. Para mejorar la categorización funcional de los contigs anotados, se clasificaron aún más utilizando Gene Ontology (GO), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) y las bases de datos de Clusters of Orthologous Groups (COG).

Conclusión: esta investigación es el primer informe de una descripción general anotada de los transcriptomas de los testículos en B. tyrannus, lo que da como resultado el recurso genético más completo disponible para la lacha hasta la fecha. Este trabajo puede proporcionar un repositorio para futuros análisis de expresión génica, estudios funcionales e investigaciones reproductivas en B. tirano. Esto mejorará las capacidades de seguimiento de la población y se puede utilizar como punto de referencia en estudios comparativos en otros modelos de peces. En general, esta investigación abrirá nuevas oportunidades y brindará nuevos conocimientos a los investigadores que estudian B. tirano.