Investigación inmunológica
Acceso abierto
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Duccio Cavalieri, Damariz Rivero, Luca Beltrame, Sonja I Buschow, Enrica Calura, Lisa Rizzetto, Sandra Gessani, Maria C Gauzzi, Walter Reith, Andreas Baur, Roberto Bonaiuti, Marco Brandizi, Carlotta De Filippo, Ugo D
Antecedentes: El advenimiento de la biología de sistemas ha estado acompañado por el florecimiento de las bases de datos de rutas. Actualmente, las vías se definen de forma genérica con respecto al tipo de órgano o célula donde tiene lugar una reacción. La especificidad del tipo de célula de las reacciones es la base de la investigación inmunológica, y capturar esta especificidad es de suma importancia cuando se utilizan análisis basados en vías para descifrar conjuntos de datos inmunológicos complejos. Aquí presentamos DC-ATLAS, un recurso novedoso y versátil para la interpretación de datos de alto rendimiento generados al perturbar la red de señalización de las células dendríticas (DC). Resultados: las rutas se anotan utilizando un modelo de datos novedoso, el lenguaje de marcado de conexión biológica (BCML), un formato de datos compatible con SBGN desarrollado para almacenar la gran cantidad de información recopilada. La aplicación de DCATLAS al análisis basado en vías del programa transcripcional de DC estimuladas con agonistas de la familia de receptores tipo toll permite una descripción integrada del flujo de información desde los sensores celulares hasta el resultado funcional, capturando la serie temporal de eventos de activación. agrupando conjuntos de reacciones que ocurren en diferentes momentos en módulos funcionales bien definidos. Conclusiones: La iniciativa mejora significativamente nuestra comprensión de la biología de DC y las redes regulatorias. Desarrollar un enfoque de biología de sistemas para el sistema inmunológico promete traducir el conocimiento sobre el sistema inmunológico en estrategias de inmunoterapia más exitosas.