Revista de glucómica y lipidómica
Acceso abierto

abstracto

Herramientas de análisis actuales y futuras para el NCI-60 en CellMiner: Recursos para la integración de datos y farmacología de sistemas

Guillermo C. Reinhold

La aplicación web CellMiner; un conjunto de herramientas que brinda acceso rápido a múltiples formas de datos moleculares y farmacológicos disponibles para el NCI-60. Estas herramientas también ayudan en la integración de estos datos de alto rendimiento de una manera factible por el no bioinformático. Se accede a las herramientas de integración en “Herramientas de análisis NCI-60” sección. Estos incluyen la “Firma de la línea celular” herramienta, que proporciona i) niveles de transcripción, ii) actividades compuestas y iii) niveles de microARN para el NCI-60. Se demostrará el acceso a los datos de secuenciación del exoma, incluido el uso de "Resultado gráfico para ADN: secuenciación del exoma". Las formas individuales de datos pueden, a su vez, integrarse utilizando la “correlación cruzada” herramienta para hasta 150 genes (niveles de transcripción), niveles de microARN y actividades de fármacos. Los datos también se pueden integrar utilizando "Comparación de patrones", que permite la entrada de cualquier patrón (para el NCI-60) y, a partir de ese patrón, se correlacionan todos los niveles de transcripción de genes y microARN, y las actividades de los compuestos. También se muestran varias herramientas de desarrollo. El primero de ellos es “número de copia de aCGH” para la determinación de las variaciones del número de copias de ADN. El segundo es la "suma de variantes genéticas", que proporciona una suma de mutaciones en una vía para hasta 150 genes. El tercero es "variante genética versus visualización de fármacos" que proporciona una visualización rápida de las relaciones entre la variante genética y el fármaco. Cada una de estas herramientas permite al usuario buscar relaciones potenciales de una manera específica para su área de especialización e interés. No se requiere experiencia en informática o bioinformática. Los datos están disponibles sin costo alguno para el público científico.