Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Comparación de secuencias de aminoácidos entre especies y acoplamiento computacional de IL-1Ra humano e IL-1Ra de rata en el receptor de rata

Muhammad Sajid Hamid Akash, Kanwal Rehman, Zeeshan Gillani, Hongying Sun y Shuqing Chen

Hoy en día, los animales de experimentación se utilizan ampliamente para investigar los potenciales terapéuticos de IL-1Ra. Este artículo establece la comparación entre especies de secuencias de aminoácidos de IL-1Ra y el acoplamiento computacional de ligandos (IL-1Ra_human e IL-1Ra_rat), en el receptor de rata (IL-1RI_rat). El propósito del estudio fue comprender la relación entre las secuencias de aminoácidos, las similitudes estructurales y de unión entre ambos ligandos. Utilizamos modelos moleculares para la determinación de la estructura, la alineación de la secuencia, el refinamiento de la estructura y el acoplamiento de proteínas de las proteínas en cuestión. Verificamos comparativamente la secuencia de aminoácidos de ambos ligandos utilizando el método Emboss Needle, para expresar la secuencia por pares. Además, estas secuencias se usaron para generar un modelo estructural 3D de ligandos por Phyre2, que se verificaron mediante el diagrama de Ramachandran. Se intentó el acoplamiento de ligandos a la estructura de IL-1RI_rat usando el programa AutoDock. La similitud y la identidad de las secuencias y estructuras de IL-1Ra_human e IL-1Ra_rat fueron del 85,4 % y el 73,6 %, respectivamente. Dos de los tres residuos del receptor, es decir, LYS290 y ASP259, eran comunes en el acoplamiento de ambos ligandos. Esto aclara que los sitios de unión para ambos ligandos son aparentemente similares, lo que significa que ambos ligandos probablemente tendrán la misma eficacia terapéutica. Del mismo modo, la implicación funcional de la similitud significativa encontrada entre dos especies puede ser de gran importancia en futuras investigaciones, con respecto al uso de IL-1Ra administrado de forma exógena.