Técnicas Avanzadas en Biología y Medicina
Acceso abierto

abstracto

Enfoques de covariación para la evolución de las familias de proteínas

Julien Pelé, Bruck Taddese, Madeline Deniaud, Antoine Garnier, Daniel Henrion, Hervé; Abdi y Marie Chabbert

En una alineación de secuencias múltiples, las covariaciones de secuencia resultan de restricciones estructurales, funcionales y/o filogenéticas. Se han desarrollado numerosos métodos para calcular las puntuaciones de covariación, pero pocos estudios han comparado estos métodos para identificar qué métodos son los más adecuados para el análisis de la divergencia de la familia de proteínas. Aquí, ofrecemos una descripción general de los métodos ampliamente utilizados e identificamos reglas simples para la selección de métodos apropiados. Específicamente, encontramos que métodos como OMES y ELSC, que favorecen pares con entropía intermedia y redes de covariación con estructura central, son adecuados para revelar información evolutiva sobre divergencia familiar. Cuando se aplican a los receptores acoplados a proteínas G, estos métodos respaldan un modelo epistásico de evolución de proteínas en el que, después de una mutación clave, era necesaria la coevolución de varios residuos para restaurar o cambiar la función de la proteína.