Virología y Micología
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abstracto

Las homologías de la proteína Nsp2 del coronavirus con la topoisomerasa I y IV del ADN bacteriano sugieren que la proteína Nsp2 es una topoisomerasa de ARN única con un objetivo novedoso para el desarrollo de fármacos y vacunas

Asit Kumar Chakraborty

COVID-19 es un virus de ARN de cadena (+) infeccioso mortal que produce una Poliproteína de longitud 7098AA que se degradó en dieciséis polipéptidos en células humanas infectadas. Como las infecciones por coronavirus ahora reclaman una pandemia >300000 pueblos de todo el mundo, el descubrimiento de objetivos moleculares es excelente. Las funciones biológicas del Coronavirus no estructurales Se desconoce la proteína nsp2. La búsqueda BLAST es el mejor método para comprender la función de proteínas desconocidas en el la base de la homología de secuencia entre la secuencia de aminoácidos de proteína conocida disponible en la base de datos Genbank. Pocas topoisomerasas de ADN tipo I muestran actividad de ARN topoisomerasa y dicha actividad se encontró en la proteína Nsp2 por búsqueda de homología con ADN topoisomerasa tipo I y tipo IV de Vibrio haemolyticus, así como ADN girasa de E. coli y ADN primasa. La actividad de topoisomerasa de ARN de COVID-19 necesaria para liberar los nudos y superenrollamientos de ARN-ARN durante la síntesis de la cadena (-) seguida de la síntesis de ARNm subgenómico. Tal enzima sería un objetivo para el ADN. inhibidores de topoisomerasas utilizados contra infecciones bacterianas y cáncer. Concluimos que la proteína Nsp2 está relacionada a Tipo I y tipo IVDNA Topoisomerasa de Vibrio haemolytica donde NH2-terminas de topoVI tiene similitud con Los extremos CO2H de la proteína Nsp2 y los dominios CO2H de topoI tienen tramos similares al extremo NH2 de Nsp2 proteína. Bacterias termófilas de aguas profundas como Desulfococcus sp y Marinobacter sp ADN topoisomerasa que tengo 25%-30% de homologías con tramos. Por lo tanto, la proteína Nsp2 es una topoisomerasa de ARN de coronavirus y es un fuerte candidato para el diseño de fármacos y el desarrollo de vacunas. Péptido de treinta aminoácidos de longitud de la proteína Nsp2 (H2N-LVN KFL ALC ADSIII GGA KLK ALNLGE TFV-CO2H) puede ser una buena vacuna peptídica contra el coronavirus. Nosotros también cebador nsp2F1 diseñado (5’-CCT GAT AGT CTT GCC GA-3’) y cebador nsp2R1 (5’-GAG CAG TTT CAA GAG TGC GG-3’) para el diagnóstico basado en RT-PCR de la infección por COVID-19. Primero determinamos la función de Nsp2 proteína de coronavirus utilizando un enfoque bioinformático.