Revista de Toxicología Clínica
Acceso abierto

abstracto

Construcción de un modelo de red computable de reparación tisular y angiogénesis en el pulmón

Jennifer S Park, Walter K Schlage1, Brian P Frushour, Marja Talikka, Gary Toedter, Stephan Gebel, Renee Deehan, Emilija Veljkovic, Jurjen W Westra, Michael J Peck, Stephanie Boue, Ulrike Kogel, Ignacio Gonzalez-Suarez, Arnd Hengstermann, Manuel C. Peitsch y Julia Hoeng

Recientemente hemos desarrollado metodologías para cuantificar el impacto biológico de la exposición a tóxicos ambientales mediante el uso de modelos de red computables y métodos de puntuación de red. En este estudio, ampliamos nuestra colección de modelos de red específicos de fisiopatología pulmonar a la reparación de tejidos y la angiogénesis. Es importante comprender los mecanismos moleculares de la cicatrización de heridas que, si no se resuelven, podrían eventualmente progresar a una enfermedad irreversible. La red de reparación y angiogénesis tisular (TRAG) consta de nueve subredes modulares que describen los siguientes procesos: señalización del factor 1 alfa inducible por hipoxia (HIF1A), germinación y tubulogénesis, angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF), angiogénesis mediada por el factor de crecimiento angiogénesis, regulación inmunitaria de la angiogénesis, regulación inmunitaria de la reparación tisular, migración celular, diferenciación de células progenitoras y fibrosis. Utilizamos un enfoque basado en datos para aumentar la red inicial basada en la literatura y para evaluar una parte de la red utilizando dos conjuntos de datos de expresión génica independientes. Este enfoque aumenta la confianza en la capacidad de la red para describir con precisión los procesos de reparación de tejidos. La Red TRAG sirve como una valiosa herramienta de investigación para evaluar el impacto biológico de la exposición a las agresiones ambientales y para comprender los eventos moleculares iniciales que pueden conducir a la enfermedad. La red TRAG, que consta de 666 nodos vinculados por 1215 relaciones o bordes que cubren 1371 ID de PubMed, se expresa en el lenguaje de expresión biológica y está disponible en formatos legibles por computadora, incluidos XGMML y .xls.